Taller práctico de aplicaciones genómicas y metagenómicas para la detección de genes de resistencia a antibióticos en muestras ambientales y clínicas. 

Tipo
Curso de verano.
Estado
Completo.
Plazas
35
Fecha de inicio
20/06/2022
Fecha de finalización
22/06/2022
Horarios
Mañanas de 9 a 14 horas Tardes de 16 a 19 horas

Duración
24 horas
Destinatarios
Investigadores predoctorales y postdoctorales que estén realizando tareas de investigación en temas relacionados con el curso y personas interesadas en la temática del curso

Reconocimiento de créditos
ECTS:1
Lugar y aulas de impartición
CRAI-TIC
A seleccionar según número de alumnos
Tasas de matrícula
  • Ordinaria:30 €
  • Alumnos ULE:25 €
  • Alumnos de otras universidades:25 €
  • Desempleados:25 €
Objetivos
  • Conocer las principales aplicaciones de las técnicas genómicas y metagenómicas para la detección de genes de resistencia a antibióticos (parte teórica breve).
  • Conocer las principales herramientas bioinformáticas disponibles para la realización de estudios de resistoma en genomas y metagenomas.


Competencias y resultados de aprendizaje

Competencias:

·   Diseñar estudios de resistoma en datos genómicos y metagenómicos

·  Utilizar las principales herramientas bioinformáticas disponibles para la realización de estudios de resistoma en datos genómicos y metagenómicos

Contenido:

·       Ejemplos de aplicaciones reales de estudios de resistoma en el ámbito de industria alimentaria y en casos clínicos

·         Introducción al uso de terminal de linux y servidores en remoto

·         Empleo de herramientas bioinformáticas

·      Comprensión de los resultados obtenidos y sus implicaciones a nivel biológico o como fuente de información para toma de decisiones



Programa

1.    Introducción a la genómica, metagenómica y conceptos básicos de resistoma

2.    Ejemplos de aplicaciones prácticas de caracterización de resistoma en datos genómicos en el ámbito clínico, veterinario o de la cadena alimentaria

3.    Ejemplos de aplicaciones prácticas de caracterización de resistoma en datos metagenómicos en el ámbito clínico, veterinario o de la cadena alimentaria

4.    Ejercicio práctico de análisis de resistoma en genomas microbianos:

o    Descarga de genomas ensamblados de repositorios públicos

o    Descarga de metadatos de los genomas descargados

o    Asignación taxonómica

o    Análisis de elementos genéticos móviles

o    Tipado microbiano mediante análisis de genoma completo

o    Detección de genes de resistencia a los antibióticos y mutaciones que confieran resistencia a antibióticos

o    Localización genómica de los genes de resistencia (cromosoma, plásmido, integrón u otro tipo de elemento genético móvil)

5.    Ejercicio práctico de análisis de resistoma en metagenomas:

o    Control de calidad de secuencias para el análisis de metagenomas

o    Ensamblaje y anotación de metagenomas

o    Análisis de elementos genéticos móviles en metagenomas

o    Detección de genes de resistencia a los antibióticos en metagenomas



Criterios de evaluación
Se exigirá la asistencia de al menos el 80% de las sesiones presenciales/online.
Se aconseja asistir al 100% de las sesiones para tener un visión completa de los problemas abordados y las herramientas bioinformáticas disponibles.

Evaluación continua de las tareas prácticas realizadas en el aula.


Director/es
  • José Francisco Cobo Díaz. Investigador post-doctoral. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.
Profesorado/Ponentes
  • José Francisco Cobo Díaz. Investigador post-doctoral. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.

  • María de Toro Hernando. Responsable de la plataforma de secuenciación del Centro de Investigación Biomédica de la Rioja

  • Narciso Martín Quijada. Investigador post-doctoral. University of Veterinary Medicine Vienna (Austria)
Departamento / Centros Implicados
Departamento de Higiene y Tecnología de los Alimentos, Facultad de Veterinaria, Universidad de León
Centro de Investigación Biomédica de La Rioja (CIBIR)
Institute of Food Safety, Food Technology and Veterinary Public Health, University of Veterinary Medicine Vienna (Austria)


Entidades colaboradoras
  • Universidad de León
Archivos adjuntos