3 de julio de 2017
- Seminario de Introducción al uso de la
supercomputación aplicado a la Bioinformática.
Seminario voluntario,
gratuito y altamente recomendable para usuarios con poco conocimiento de Linux
para un mejor aprovechamiento de los cursos de Bioinformática de la FCSCL.
Objetivos
Proporcionar la
formación necesaria para comprender y emplear el uso de herramientas para
extraer información útil de datos producidos por técnicas biológicas de alto
rendimiento, empleando para ello la supercomputación en la secuenciación del
genoma, tanto en la gestión como el análisis de los datos biológicos.
Estos análisis serán
empleados en estudios de alineamiento de secuencias, ensamblado y anotación
genómica, modelización de proteínas, predicción de estructura de proteínas,
genómica comparada, descubrimiento de SNPs,
predicción de la expresión génica e interacciones proteína-proteína.
09:00 - 11:00 Introducción acceso a Caléndula - Jesús
Lorenzana Campillo.
·Descripción
técnica de los recursos de la Fundación Centro de Supercomputación de Castilla
y León.
- Infraestructuras de la FCSCL.
- Configuración del superordenador de
la FCSCL, Caléndula.
·Estado actual de la Supercomputación.
·Acceso remoto
a Caléndula.
- Entorno de usuario: Utilización del
gestor de colas y envío de trabajos.
11:00 - 11:20 Pausa.
11:20 - 14:00 Introducción al entorno Linux -
Cristina Esteban Blanco.
·Carpetas y ficheros.
·Permisos.
·Comandos básicos.
·Prácticas sobre Caléndula.
14:00 - 15:30 Descanso.
15:30 - 18:30 Introducción al entorno Linux
(Continuación) - Cristina Esteban Blanco.
4 de julio de 2017
Recepción de Alumnos
y Entrega de Documentación.
Inauguración del
Curso.
09:00 - 11:15 NGS y RNA-Seq Supercomputación - Juan
José Arranz Santos.
11:15 - 11:45 Pausa.
11:45 - 14:00 Control de Calidad y Trimming (FAstQC,
otras herramientas Trimmomatic, etc….) - Juan José Arranz Santos.
14:00 - 15:30 Descanso.
15:30 - 18:30 Alineamiento de lecturas (TopHat) y
visualización (IGV) - Beatriz Gutiérrrez Gil.
5 de julio de 2017
09:00 - 11:15 Manipulación de secuencias (SamTools) -
Beatriz Gutiérrrez Gil.
11:15 - 11:45 Pausa.
11:45 - 14:00 Transcript assembly (Cufflinks) - Aroa
Suárez Vega.
14:00 - 15:30 Descanso.
15:30 - 18:30 Cuantificación de lecturas (Cufflinks y
HTSeq) - Aroa Suárez Vega.
6 de julio de 2017
09:00 - 11:15 Introducción a R y Bioconductor. Toma
de contacto - Beatriz Rosón Burgo.
11:15 - 11:45 Pausa.
11:45 - 14:00 Qué es el análisis de expresión diferencial:
- Beatriz Rosón Burgo.
·Del microarray de Affymetrix a
las secuencias de Illumina.
·Ajuste a multiple-testing: FDRs
y p-valores.
·Contrastes simples y factoriales.
14:00 - 15:30 Descanso.
15:30 - 18:30 Análisis de expresión diferencial de
RNAseq: - Aroa Suárez Vega.
·Programas en R: Práctica con
DESeq.
·Programa de cufflinks:
Cuffdiff.
7 de julio de 2017
09:00 - 09:55 Introducción a las anotaciones
functionales - Beatriz Rosón Burgo.
09:55 - 10:50 Bases de datos y ontologías para
anotación funcional (KEGG, GO, INTERPRO) - Beatriz Rosón Burgo.
10:50 - 11:05 Pausa.
11:05 - 12:00 Análisis de enriquecimiento funcional
(DAVID and GeneTermLinker) - Beatriz Rosón Burgo.
12:00 - 12:55 Redes funcionales (FGNet package) -
Beatriz Rosón Burgo.
12:55 - 13:00 Clausura del curso.
13:00 Visita al Superordenador Caléndula
(voluntario) - Cristina Esteban Blanco.
