Curso Práctico de Iniciación al uso de la Supercomputación aplicado al Análisis de datos RNA-Seq - 2 ª edición 

19/07/2016
Tipo
Curso de verano.
Estado
Concluido.
Plazas
20
Fecha de inicio
19/07/2016
Fecha de finalización
22/07/2016
Horarios
• Martes de 9:00 a 14:00 y de 1 5:30 a 18:30 horas. • Miércoles de 9:00 a 14:00 y de 1 5:30 a 18:30 horas. • Jueves de 9:00 a 14:00 y de 1 5:30 a 18:30 horas. • Viernes de 9:00 a 13:00 horas. • Lunes de 9:00 a 14:00 y de 15:30 a 19:30 horas la FCSCL impartirá el Seminario de Introducción al uso de la supercomputación aplicado a la Bioinformática. Seminario voluntario, gratuito y altamente recomendable para usuarios con poco conocimiento de Linux, para un mejor aprovechamiento de los cursos de Bioinformática de la FCSCL.

Duración
28 horas
Destinatarios
El curso está dirigido a investigadores interesados en estudios genómicos, a profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y/o Biotecnología relacionados con el diagnóstico genético y a Alumnos Universitarios (titulaciones técnicas del ámbito experimental y/o económico) de posgrado y, en general, cualquier persona afín a la temática tanto en la dimensión de la investigación, como de la innovación y el desarrollo.

Reconocimiento de créditos
ECTS:1
Lugar y aulas de impartición
Edificio CRAI-TIC
Aula 105 de la 1ª planta
Tasas de matrícula
  • Ordinaria:350 €
  • Alumnos ULE:300 €
  • Alumnos de otras universidades:350 €
  • Desempleados:300 €
Observaciones a las tasas:
Los alumnos de la ULE deberán acreditar dicha condición para tener derecho a la reducción de las tasas mediante la presentación de copia del carnet universitario. Los alumnos en desempleo deberán acreditar dicha condición para tener derecho a la reducción de las tasas mediante la presentación de copia de la tarjeta del paro.
Objetivos
En este curso se proporcionará una formación básica para el manejo e interpretación de datos de expresión génica global procedentes de Next Generation Sequencing (RNA-Seq). Para ello, además de explicar las bases teóricas de la generación de los datos y del proceso de análisis, se pretende trabajar con datos reales de expresión génica en los que se realizará: el control de calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia, ensamblado, cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.

Competencias y resultados de aprendizaje
Competencias:
- Capacidad de establecer un diseño experimental para el análisis de expresión génica diferencial utilizando datos del transcriptoma completo mediante técnicas NGS (RNA-Seq).
- Manejo de software libre para el análisis de RNA-Seq.
- Conocimiento de una pipeline de análisis de expresión diferencial en experimentos que utilizan RNA-seq.
- Interpretación y representación de los resultados de expresión diferencial.
Resultados: Con este curso pretendemos que los estudiantes tengan la capacidad de analizar e interpretar datos de experimentos RNA-seq. En el curso se trabajará con datos reales de expresión génica en los que se realizará: el control de calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia, ensamblado, cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.

Programa
19 de julio de 2016
Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación
Inauguración del Curso
09:00 - 11:15 NGS y RNA-Seq Supercomputación - Juan José Arranz Santos.
11:15 - 11:45 PAUSA.
11:45 - 1 4:00 Control de Calidad y Trimming (FAstQC, otras herramientas Trimmomatic, etcF.) - Juan José Arranz Santos.
14:00 - 15:30 DESCANSO.
15:30 - 18:30 Alineamiento de lecturas (TopHat) y visualización (IGV) - Beatriz Gutiérrez Gil.
20 de julio de 2016
09:00 - 11:15 Manipulación de secuencias (SamTools) - Beatriz Gutiérrez Gil.
11:15 - 11:45 PAUSA.
11:45 - 14:00 Transcript assembly (Cufflinks) - Aroa Suárez Vega.
14:00 - 15:30 DESCANSO.
15:30 - 18:30 Cuantificación de lecturas (Cufflinks y HTSeq) - Aroa Suárez Vega.
21 de julio de 2016
09:00 - 11:15 Introducción a R y Bioconductor. Toma de contacto - Beatriz Rosón Burgo.
11:15 - 11:45 PAUSA.
11:45 - 14:00 Qué es el análisis de expresión diferencial: - Beatriz Rosón Burgo. -Del microarray de Affymetrix a las secuencias de Illumina. -Ajuste a multiple-testing: FDRs y p-valores. -Contrastes simples y factoriales.
14:00 - 15:30 DESCANSO.
15:30 - 18:30 Análisis de expresión diferencial de RNAseq: - Beatriz Rosón Burgo. -Programas en R: Práctica con DESeq. Nuevas posibilidades del paquete limma para RNAseq. -Programa de cufflinks: Cuffdiff.
22 de julio de 2016
09:00 - 09:55 Introducción a las anotaciones funcionales - Beatriz Rosón Burgo.
09:55 - 10:50 Bases de datos y ontologías para anotación funcional (KEGG, GO, INTERPRO) - Beatriz Rosón Burgo.
10:50 - 11:05 PAUSA.
11:05 - 12:00 Análisis de enriquecimiento funcional (DAVID and GeneTermLinker) - Beatriz Rosón Burgo.
12:00 - 12:55 Redes funcionales (FGNet package)) - Beatriz Rosón Burgo.
12:55 - 13:00 Clausura del curso. 13:00 Visita al Superordenador Caléndula (voluntario) - Jesús Lorenzana Campillo.
18 de julio de 2016- Seminario de Introducción al uso de la supercomputación aplicado a la Bioinformática Seminario voluntario, gratuito y altamente recomendable para usuarios con poco conocimiento de Linux para un mejor aprovechamiento de los cursos de Bioinformática de la FCSCL.
09:00 - 11:00 Introducción acceso a Caléndula - Jesús Lorenzana Campillo.
- Descripción técnica de los recursos de la Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León.
- Infraestructuras de la FCSCL. - Configuración del superordenador de la FCSCL, Caléndula.
- Estado actual de la Supercomputación.
- Acceso remoto a Caléndula. - Entorno de usuario: Utilización del gestor de colas y envío de trabajos.
11:00 - 11:20 PAUSA.
11:20 - 14:00 Introducción al entorno Linux - Cristina Esteban Blanco. - Carpetas y ficheros. - Permisos. - Comandos básicos. - Prácticas sobre Caléndula.
14:00 - 15:30 DESCANSO.
15:30 - 19:30 Introducción al entorno Linux (Continuación) - Cristina Esteban Blanco.

Criterios de evaluación
Se exigirá la asistencia de al menos el 80% de las sesiones presenciales/online.
Se exigirá la asistencia de al menos el 80% de las sesiones presenciales teóricas y prácticas del curso. Al finalizar el curso, se llevará a cabo una prueba de carácter teórico-práctico con objeto de valorar los conocimientos adquiridos por los alumnos.

Director/es
  • Juan José Arranz Santos. Profesor. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.

  • Ruth Alonso Martínez. Responsable Administrativo y de Formación del Centro de Supercomputación de Castilla y León
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Profesorado/Ponentes
  • Juan José Arranz Santos. Profesor. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.

  • Aroa Suárez Vega. Profesora. Facultad de Veterinaria. Universidad de León. Universidad de León.

  • Beatriz Gutiérrez Gil. Profesora. Facultad de Veterinaria. Universidad de León.

  • Cristina Esteban Blanco. Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León

  • Jesús Lorenzana Campillo. Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León

  • Beatriz Rosón Burgo. Instituto Karolinska. Estocolmo
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Departamento / Centros Implicados
Departamento de Producción Animal, Facultad de Veterinaria de León. Centro de Supercomputación de Castilla y León (FCSCL).

Entidades colaboradoras
  • Universidad de León

  • Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León

  • Centro de Investigación del Cáncer de Salamanca
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Archivos adjuntos